HELM: Hierarchical Editing Language for Macromolecules

HELM ist eine lineare und maschinenlesbare Notation für die Darstellung von Makromolekülen (wie SMILES für kleine Moleküle). Sie ermöglicht eine einheitliche Darstellung von Biomolekülen wie Proteinen, Nukleotiden, Antikörper-Wirkstoff-Konjugaten, uvm.

  • HELM wurde 2013 von Pfizer und der Pistoia Alliance als neuer Standard für die Darstellung von Makromolekülen entwickelt und wird nun von der Pistoia Alliance stetig weiter ausgebaut und optimiert.
  • xHELM: Im Auftrag der Pistoia Alliance hat quattro research xHELM als Erweiterung der HELM Notation entwickelt. Sie vereinfacht den Austausch von HELM Strukturen zwischen verschiedenen Organisationen. Mehr über xHELM können Sie in der Präsentation auf dieser Seite erfahren.
  • Unter der Leitung von Stefan Klostermann am Roche Innovation Center Penzberg hat quattro research bei der Entwicklung des HELM Antibody Editors (HAbE) mitgewirkt.
  • Der HELM Antibody Editor kann nun kostenlos bei der Pistoia Alliance heruntergeladen werden (s. Videos unten).

 

HELM Bibliografie:

Pistoia Alliance – HELM project

A Hierarchical Notation Language for Complex Biomolecule Structure Representation Tianhong Zhang, Hongli Li, Hualin Xi, Robert V. Stanton, and Sergio H. RotsteinJournal of Chemical Information and Modeling 2012 52 (10), 2796-2806DOI: 10.1021/ci3001925

HELM Antibody Editor

HELM Antibody Editor: What is it, what can it do? From Pistoia Alliance on Vimeo.

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HELM 2.0

Enhanced Standard HELM 2.0 von Markus Weisser

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HELM Antibody Editor – User Guide

HAbE: User Guide Demonstration from Pistoia Alliance on Vimeo.

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